A primeira construção tinha aproximadamente 90 metros quadrados, segundo informações históricas. Foi chamado de escola de meninos, em 25 de janeiro de 1554, dia do "nascimento" de São Paulo.
O Pátio do Colégio se tornou num símbolo da cidade, e ainda um símbolo da memória paulistana, afinal resistiu a verticalização, o que em São Paulo já é uma grande proeza.
O Importante é que o Colégio de São Paulo de Piratininga guarda tesouros inesperados, em meio a cidade que "não pode parar", por ter sido considerada a primeira construção da cidade. O prédio de 1554 já foi destruído a muito tempo, e o novo foi ampliado, gerando assim o edifício atual. Restou apenas uma parede.
Muita gente se sente numa outra cidade quando passa em frente ao Pátio do Colégio, por que parece um pedacinho da cidade parado no tempo. Um grande contraste com o que há "logo ali".

O Museu Anchieta está localizado na praça do Pátio do Colégio, no centro de São Paulo.
Reúne todo o histórico da vida do padre Anchieta. Há uma maquete que mostra a antiga cidade de São Paulo, cercada por taipas e pelos rios da época. No pátio, há uma parede histórica, de quase 500 anos, feita de barro e óleo de baleia pelo padre Afonso Brás. Ponto do Planalto Paulista escolhido pelos Jesuítas, para fundação da cidade destinada a ser a segunda maior do mundo e primeira a nascer de um Colégio. Marco do início da cidade, fundado em 1554 pelos jesuítas Manuel da Nóbrega e José de Anchieta, que ali ergueram sua primeira capela, reconstruída de uma que existiu no século XVIII, próximo a ela está o Museu de Anchieta, onde encontram-se utensílios de uso diário da época e trabalhos preciosos da arte sacra. No interior do pátio do museu encontram-se paredes originais da construção que foram mantidas para estudo.